Beasiswa yang ada di SMP Negeri 3 yaitu:
1. Program Indonesia Pintar (PIP) adalah bantuan BLT yang ditujukan kepada siswa yang berasal dari keluarga miskin. Besaran beasiswa tersebut adalah Rp.350.000, Rp.375.000 sampai dengan Rp.750.000 per semester
2. Baitul Mal Kota Banda Aceh, adalah suatu lembaga atau pihak (al jihat) yang mempunyai tugas khusus menangani segala harta umat, baik berupa pendapatan maupun pengeluaran negara. Besaran beasiswa tersebut adalah Rp.700.000 per tahun
3. Beasiswa Yatim,beasiswa tersebut diberikan untuk anak kurang mampu, yatim, piatu dan korban konflik. Besaran beasiswa tersebut adalah Rp.600.000 per smester